朱元璋尊崇儒家思想的实际内容，其实只是程朱理学。早在洪武三年，朱元璋就下令在科举制度的乡试、会试中，一律采用程朱一派理学家对儒家经典的标准注本，竭力提高程朱理学在官方学说中的地位，致使程朱理学出现前所未有的盛况。正如陈确听说，"世儒习气，敢于诬孔孟，必不敢非程朱！"永乐年间，明统治者接受儒家学者的建议，下令由官方出面，编修有关程朱理学的著作，由此开启官修理学书籍的先声。1415年，由明成祖亲自主持和作序，由胡广、杨荣等人具体负责的《五经大全》、《四书大全》、《性理大全》开始编修，这明显标志着程朱理学官学化的完成和确立。此后一个相当长的时期，尽废古注释不用，程朱理学不仅成为明朝八股取士的唯一学术根据，而且成为牢笼天下人心的唯一凭借。 程朱理学的官学化一方面提高了理学的地位，有助于统治者利用程朱理学进行政治统治；然而另一方面，这种官学化的过程，对于儒家思想的发展实际上是弊大于利。因为任何思想一旦定于一尊，都势必导致其活力的减弱和式微。其最突出的表现，便是当时的学者不仅缺少思想的创造，而且在学术上也极少创新，划地为牢，一依程朱的范围。如明初名儒宋濂、方孝孺、曹端、薛瑄、吴与弼、胡居仁等，虽然名气颇大，但其思想和学术贡献却极少。

在上述诸名儒中，宋濂是宋元以来金华朱学的传人，是元明易代之际承前启后的大理学家，其学以程朱理学为家。他对明初礼乐制度的制定超过相当大的作用，其理学思想也对后来影响甚巨，是有明三百年首倡"钟吕之音"的人物。然而如果对其思想进行分析，可见其独特的贡献殊少。他的理学思想属于典型的朱学系统，以为世界之所以有万物和万物的变化运动，主要是因为"元气"的作用。而元气的背后，则是"天地之心"即理的主宰。显然，这与朱熹所讲的理气关系是基本一致的。但是他的思想也杂有佛教和道教的因素，甚至公开援佛大儒；另一方面，作为金华学派的传人，他又对浙东功利之学相当倾心，主张用性，立事功，著之民用；又曾学于吕祖谦的后学李大有，故而其学又有目学重经制、典籍的特点。 方孝孺是宋镰的学生，其思想见解上承宋镰，而安出于朱熹。他一方面遵从朱学博学致知的功夫，同时叉主张践履笃实。强调学问要和事功、践履结合起来，主张齐家为治国之本，而齐家又以《周礼》中的宗法制为遗典大法，企图以《周礼》的模式来改造现实社会。在对待佛教与道教的态度上，他与宋濂稍有不同。宋濂出入于二教，方孝孺则以工教为叛道者，公开声言要驱逐佛教，有"持守之严，刚大之气，与紫阳真相仲伯，故为有明之学祖也"的声誉。曹端与方孝孺同时而稍后，是明初北方一大儒，其学术为明初理学之冠。他毕生专心性理，躬行实践，倡明儒学，排斥佛教与道教。他读宋儒《太极图》、《通书》、《西铭》等书，深叹"道在是矣"。遂笃志研究，用力极深。他所说的太极，就是理。理是万物之原，是万物的主宰。理与气的关系，是理取气，而不是朱熹所说的"理之乘气，犹人之乘马，马之一出一入，而大亦与之一出一入。"其实，他和朱熏一样，都是把理与气视为二物而非一物。因此他强调，为学欲至乎圣人之道，必须从太极上立脚跟。不过，他在尊崇程朱的同时，也并不完全株守程朱，而对陆九渊的心学也有相当的倾心，具有一定的心学倾向。他说，"事事都于心上做功夫，是入孔门的大路。"这种事心之学，主要是在一念萌动的瞬间下功夫，即偏重于自思反省。显然这是向陆九渊心学的靠拢。

继曹端而起的是薛瑄。薛瑄开北方"河东之学"，门徒遍布山西、河南、关陇一带，蔚为北方朱学之大宗。薛瑄为学，一主程朱，注重恭行。在他看来，儒家学术发展到朱熹，"斯道已大明，无烦著作，直须恭行而已。"认为《四书》、《五经》，周程张朱之书，已将道理说得很明白，道统正传全在于是，舍此而他学，哪里还有什么学问可言呢?正是由于他格守宋儒的学说原则，故而被清儒视为朱学之正宗。其学以复性为宗，强调为学只要知复性而已，所谓学实际上只是学天理人伦，"天地万物，惟性字一字括尽"，并留有"七十六年无一事，此心始觉性天通"的哲理诗名句。至于其复性的方法，主要强调朱熹的下学功夫，以为性非特具于心者为是，凡耳目口鼻手足动静之理皆是也。因此功夫之要不在于体会那些天理，而是要在平常的凡事中加以体现。事事不放过，而皆欲合理。在理学家极为重视的理气问题上，薛瑄的基本态度是着力发挥曹端的理气一体说，从而完成对朱熹的理先气后说的修正。他说："理气无先后，无无气之理，亦无无理之气。"

与薛瑄同时并为明初朱学大家的还有吴与强。吴像薛瑄一样一依宋人成说，其不同在于薛瑄主下学功夫，而吴则寻向上功夫。他认为，圣贤所言、所行，无非是在天理，去人欲。因此，要学圣贤，就不能舍此而他求。故此，他格外强调以身心的修养去变化人的气质。其方法，就是去读圣贤的书，去体会圣贤的遗言，如有不合，则当下克己复礼的功夫，务使此心湛然虚明，固有之仁义礼智不为外物所胜。这样，即便当不成圣贤，那么应事也可以最大限度减少失误。其言心，则以知觉而与理为二；言功夫，则静时存养，动时省察。 由于他提倡静中体验，兼采朱陆之长。故而其学传陈白沙(献章）反而背叛了朱学而开启王阳明心学之先河，这似乎也意味着朱学的式微与心学的崛起。

吴与弼的弟子有陈献章和胡居仁。胡居仁虽为吴之弟子，但其学似乎较乃师更为纯正，他既不满于陆九渊，也不满于陈献章。对前者指为空虚近禅，对于后者，则视为流于黄老。故而被《明史》视为是明初诸儒中守朱学之最纯者。在理气问题上，他以为理是气之主，气是理之具，宇宙间只有实理流行。其学以忠信为先，以求放心为要。而最为关键的一点则是如何持敬的问题。他说："圣贤功夫虽多，莫切要如敬字。敬有自畏慎底意思，敬有肃然白整顿底意思，敬有卓然精明底意思，敬有湛然纯一底意?quot;；"敬为存养之道，贯彻始终"。在心与理的问题上，胡居仁提出"心与理一"的观点，以为心理不相离，心存则理自在，心放则理也失；理明则心必明，心明则理也著。故而主张"存心穷理，交致其功"。至于穷理的方法，在他看来则不止一端，或在读书上得之，或在讲论上得之，或在思虑上得之，或在行事上得之。

统观明初的理学，这些理学家虽然属守程朱的遗规，但也同时继续了元朝儒家学者已开启的朱陆合流的倾向，自觉或不自觉地采纳了一些陆学的观点，以完善程朱理学之不足。