由于统治集团内部之间争夺政权的长期斗争以及民族矛盾的激化，西晋王朝经历了几十年的风雨飘摇之后被迫南渡，建立东晋，偏安江左，南北分治。东晋之后，南方依次出现宋、齐、梁、陈四姓政权，是为“南朝”。
南朝儒学从总体上说，大体与东晋相同，儒家学者承魏晋玄学之余绪，或绝经世之志而兴厌世之思，或斥儒道佛无益于天下而耽于酒色，或痛骂仁义礼法之不足用而寄托于老庄之虚无，玄学盛行，清谈成风。儒学界通行王注《周易》、杜注《左传》、何注《公羊爪学间清通简要》。唐李延寿所撰《北史·儒林传》对南朝儒学总评道:"自元嘉之后，宇内分崩，礼乐文章，扫地将尽。……大抵南北所为章句，好尚且有不同。江左，《周易》则王辅嗣，《尚书》则孔安国，《左传》则杜元凯。阿洛，《左传》则服子镇，《尚书》、《周易》则郑康成。《诗》则并主于毛公，《礼》则同遵于郑氏。南人约筒，得其英华;北人深芜，穷其枝叶。考其终始，要其会归，其立身成名，殊方同致矣。"这大体可说明南北学术之差别及南方学术的基本学风。
南朝儒者长于文笔，又濡染于玄谈佛理，重文辞，轻经术，故其说经之文多空虚浮华，这是南朝儒学的总体特色。但是具体而言，南朝四代儒学，至少可分为两大阶段，两阶段的基本情况是同中有异，异中有同。第一阶段主要是宋、齐时期。这一时期从官方的情况看，儒学的地位并没有下降，依然是诸学之首，依然担负官方意识形态的重要角色。但是，由于玄、史、文学的分割，儒学明显丧失一家独霸的地位，并与诸学平分秋色。《资治通鉴》南朝宋元嘉十五年载:“豫章雷次宗好学，隐居庐山。尝征为散骑侍郎，不就。是岁，以赴士征至建康，为开馆于鸡笼山，使聚徒教授。帝雅好艺文，使丹杨尹庐江何尚之立玄学，太子率更令何承天立史学，司徒参军谢元立文学，并次宗儒学为四学。”以致具有传统儒学观念的司马光不无感慨而言之："然则史者儒之一端，文者儒之余事，至于老、庄虚无，固非所以为教也。夫学者所以求道；天下无二道，安有四学哉!"
于此可知儒学地位在南朝前期确有所下降，而不久前兴起的玄学则脱离儒学自成一家。
宋、齐时期儒学地位的下降为历史事实，然考诸此时儒学发展的实际情况看，却发现《礼》学格外兴隆，大家辈出，著述繁富，远非他朝可比。皮锡瑞在《经学历史》一书中写道："南学之可称者，惟晋、宋间诸儒善说礼服。宋初雷次宗最著，与郑君齐名，有雷、郑之称。当崇尚老、庄之时，而说礼谨严，引证详实，有汉石渠、虎观遗风，此则后世所不逮也。"究其原因，盖与政治混乱过程中如何重建社会秩序有着一定的关联，也多少反映出儒学在此一时期虽然地位下降，但其功能犹在。
然而到了南朝儒学的第二个阶段，即梁、陈时期，由于梁武帝公开宣布儒、释、道三教并行，三教合流的趋势更为明显，当然也为此后隋唐时代儒学的统一奠定了基础。《南史·儒林传》在描述梁、陈时期儒学状况及其背景时说:"逮江左草创，日不暇给，以迄宋、齐，国学时或开置，而功课末博，建之不能十年，盖取文具而已。是时乡里莫或开馆，公卿罕通经术，朝廷大儒，独学而弗肯养众，后生孤陋，拥经而无所讲习，大道之郁也久矣乎!至梁武创业，深悯其弊，天监四年，乃诏开五馆，建立国学，总以《五经》教授，置《五经》博士各一人。于是以平原明山宾、吴郡陆链、吴兴沈峻、建平严植之、会稽贺场补博士，备主一馆。馆有数百生，给其馈票，其射策通明经者，即除为吏，于是怀经负笼者云会矣。又选学生遣就会稽云门山，受业于庐江何撒，分道博十、祭酒，到州都立学。七年，又诏皇太子、宗室、王侯始就学受业，武帝亲屈舆驾，释奠于先师先圣，申之以语，劳之以束帛，济济焉，洋洋焉，大道之行也如是。及陈武创业，时经丧乱，衣冠珍瘁，寇贼未宁，敦奖之方，所未逞也。天嘉以后，稍置半官，虽博延生徒，成业盖寡。其所采缀，盖亦梁之遗儒。” 也就是说，在整个南朝时期，儒学除在梁武带的扶持下有过短暂的辉煌外，基本上都因政治环境的恶劣而萎靡不振。政治环境对于学术发展具有相当大的制约作用，干戈未息、政治动荡不安的年代，不可能指望学术的真正繁荣。而且从南朝政治、学术的总体形势看，由于儒、道、释三家的不断争夺与冲突，为政治对文化的选择提供了相当大的空间。在南朝诸帝中，除梁武帝有意识地扶持过儒学外，其他帝王则更多地是信仰佛教和道教，这也是南朝儒学一直衰微的原因之所在。
说到南朝儒道释之间的冲突，此一时期直接承袭魏晋，尤其是东晋时期的一些争论问题而有所发展。儒家学者依然坚?quot;华夷之辩"及正统的原则，排斥佛道二教，但由于佛道二教的许多义理已深入人心，故儒家学者的排斥虽然有力，但效果并不理想，相反却是三教合流、三教兼宗的趋势更明显。刘宋年间，顾欣站在道教的立场上发表著名的《夷夏论》，凭借儒家夷夏之辩的思想武器，论证道教才是华夏的根本宗教，佛教乃为夷狄之法，以期为尊王攘夷、王政一统教化张目，结果招致佛教徒的强烈反对，引发佛道二教的一场激烈论战。司徒袁粲托名道人通公著文反驳道:"孔老释迦，其人或同，观方设教，其道必易。孔老治世为本，释氏出世为?quot;，并不存在根本的冲突。至于夷夏习俗的差别，袁粲认为并不会因此而妨害佛教义理的传播，"变本从道，不遵彼俗，教风自殊，无患其乱”，在华夏共行佛教，只是传播佛教的道理，并不是要中国人必须遵从佛教的风俗。而且，习俗也不是一成不变的，它的任何改变都必然遵循圣道的教化，所以佛教在中土传播，只会对中土旧有习俗有所移易，决不会由此而破坏华夏旧有的社会秩序。其后，宋代僧人僧佑又在《弘明集》后序中强化这一观点，并从历史文化的变迁、地理位置的相对性等方面论证华夷无别，历史上华夷地域的分野并不是固定不变的，佛教在中土完全有可能发展成为有利于社会秩序的正统思想。 南朝早期的佛道之争虽然没有正面触及及儒佛之间的关系，但显而易见，传统儒家"内诸夏而外夷狄"的思想观念根本无法阻挡佛教在中土的传播和发展。佛教不仅要与儒学争取信仰群，而且势必要与儒学争夺在官方意识形态中的地位，于是有沙门是否应该敬王者的争论。早在东晋威康六年(340)，庚冰就在代晋成帝拟定的诏令中明确提出“沙门应尽敬王者”的主张，以为“名教有由来，百代所不废”,“王教不得不一，二之则乱”，佛教徒应该遵循名教的原则礼敬王者，否则尊卑不分，导致社会秩序的混乱。
庚冰的主张激起了一些佛徒和佞佛朝贵的强烈不满。尚书令何充在《沙门不应尽敬表》中说，佛教“五戒之禁，实助王化”，佛教戒律与儒家名教并不矛盾。慧远在《沙门不敬王者论》中也说，佛教并不违反名教，二者出发点虽然有异，但其对社会的效果则一，"通法之与名教，如来之与尧孔，发致虽殊，潜相影响;出处诚异，终期则同。"在维护社会秩序的稳定方面，二者殊途同归，甚至佛教在某些方面还要略高儒学一筹，"如令一大全德，则道洽六亲，泽流天下，虽不处王侯之位，亦已协契皇极，有有生民矣。"总之，在慧远看来，佛儒之间并不存在根本的冲突，二者之间具有相当多的一致性。
然而问题在于，由于佛教在此一时期获得了极大的发展，它不仅在与儒家文化争夺信仰群，而且由于寺院经济的急剧膨胀;实际上已经危及皇权以及世俗地主阶级的利益。因此在南朝时期，儒佛之间的冲突便不单单限于思想文化观念上，而且具有相当重要的社会经济背景。范缜在《神灭论》中强调:"浮屠害政，桑门蠹俗，风惊雾起，驰荡不休。吾哀其弊，思拯其溺","使家家弃其亲爱，人人绝其嗣续"。佛教既有害于国治俗正，又毁弃人伦，那么就应该予以排斥和取缔。据《南史·郭祖深传》载，时梁武帝大弘释典，将以易俗，郭祖深上疏直谏曰:"都下佛寺五百余所，穷极宏丽。僧尼十余万，资产丰沃。所在郡县，不可胜言。道人又有白徒，尼则皆畜养女，皆不贯人籍，天下户口几亡其半。而僧尼多非法，养女皆服罗纨，其蠹俗伤法，抑由于此。”寺院经济的发展已经严重影响国家的收入和社会秩序的稳定，如果不严格清理和有限度地允许佛教的传播，那么，"则恐方来处处成寺，家家剃落，尺土一人，非复国有。"其情形自然可怖。
佛教寺院经济的膨胀损害了世俗地主阶级的经济利益，但佛教义理所提供的精神鸦片尤其是其神不灭论则又满足了动荡时期世俗地主阶级在精神上的需求。因此儒家学者如果不能在义理尤其是神不灭等理论问题上给佛教以相当沉重的打击，那么儒佛之间的冲突并不可能真正平息，儒学发展的前途当然更无法乐观。于是我们看到，在南朝一个相当长的时期内，儒佛在理论上的冲突主要是围绕着神灭神不灭的问题展开的。 最早起而反对佛教神不灭论的是晋人孙盛，但由于各种原因，孙盛在理论上并没有真正展开。之后起来重提这一问题的是刘宋时学者何承天，他在《报应问》、《答宗居士书》以及《达性论》等文章中，着重批评了佛教的因果报应说、轮回转世说，特别是神不灭论。何氏指出，佛教的因果报应说，"其枝末虽明，而即本常昧;其言奢而寡要，其譬迂而无征，乖背《五经》，故见弃于先圣"，因而并不足，信。至于轮回转世，何承天认为更是欺人之谈，"杀生者无恶报，为福者无善应"，这是人生常识，何来因果轮回。而且，人"必有死，形毙神散，犹春荣秋落，四时代换，奚有于更受形哉?"哪里又有生死轮回、神不灭的可能呢?
继何承天之后给佛教以致命打击的是南朝萧梁时期的范缜。他在其《神灭论》中汲取早期儒者荀子的"形具而神生"，汉儒桓谭的"薪火之喻"，以及何承天"形神相资"等思想资源，明确提出"神即形也，形即神也;是以形存则神存，形谢则神灭"的思想主张。他认为?quot;形者种之质，神者形之用，是则形称其质，神言其用，形之与神，不得相异也";"种之于质，犹利之于刀;形之于用，犹刀之于利;利之名非刀也，刀之名非利也;然而舍利无刀，舍刀无利，未闻刀没而利存，岂容形亡而神在严即人的精神活动必须依附于人的形体，人的形体既不存在，那么又怎能说此一形体依然有能力进行精神活动呢？
范缜的神灭论是对佛教神不灭论的一次重大打击，此论一出，"朝野喧哗"，一些佛教徒和候佛朝臣等纷纷著文反击，最后由梁武帝出面，以早期儒家经典中飨亲、祭神的告慰性语言为据，指责范缜的神灭论"违经背亲"，言语可息。终于平息了佛儒之间的一场大冲突。 梁武帝以政权的力量平息了神灭与神不灭之间的争论，但是如果从思想史的观点看，无疑是以范缜为代表的儒学理性主义在理论上占了上风，更多一些道理。同时，由于这场争论的双方往往都引用早期儒家经典来证明自己的论点，因而这场争论的实际后果是谁都没有取得真正胜利，反而因这场争论促进了儒佛在思想上的融合。其主要表现为:
一是开启以儒释佛、儒佛互让的学术思潮。他们一方面将儒家思想引入佛教义理，促进佛学的中国化和儒教化;另一方面他们又将佛教的一些思想引入儒学，使传统儒学在佛教思想的影响下不得不发生一些本质性的变化，从而为后来的儒佛合一作了理论上的铺垫和准备。刘宋?quot;兼内外之学"的名僧慧琳在其所著《均善论》中，便是坚守佛教的立场而同时主张儒释道三教调和，以为三教的刨始人均是圣人，三教的义理亦各有长处，应该调和，应以善"。梁人刘勰所著《灭惑论》也说:"夫佛家之孝，所苞盖远。理由乎心，无系于发，若爱发弃心，何取于孝？”明确承认佛教义理不仅不违反传统儒家的孝道，而且与儒家的孝道相互发明，"夫孝理至极，道俗同贯，虽内外迹殊，而种用一撰。"其孝道的原理与精神是基本一致的，尽管二者存有内外之别。
以儒释佛、佛儒互证在南朝的另外一种表现形态是把儒家一些理论融入佛理，以期由此证明佛教义理不仅不妨碍儒教的推行，而且会有相当大的推动作用。梁和尚僧顺著有《释三破论》便强调佛教教义中自有仁义忠孝之道，只是表现形式不一，但其功用则相同?quot;释氏之教，父慈子孝，兄爱弟敬，大和妻柔，各有六睦之美，有何不善，而能破家产基于这样的认识，南朝儒释之间的冲突尽管激烈，但相互吸引与融合则是最为本质的东西，当时学者不论是站在儒家，还是佛教的立场上，他们都逐渐承认二教之间确乎有相通相融之处，二者应该携起手来，为社会的稳定与发展贡献自己的智慧。于是南朝儒佛在思想上融合的第二个表现就是宣扬三教同源，功能则一，力主三教并用。
确实，就人类文化的初期形态而言，各种文化形态尽管存在许许多多的特征和差异，但它们之所发生的根本原因当然只能是人们的精神需要，从这个意义上说，不仅儒释通三教同源，而且可能人类文化的所有形态都是起源于此一-背景。问题在于，儒佛之间经过几百年的冲突，到了南朝突然发现二者同源，便使人不能不觉得这是二者冲突过程中的相互容忍和让步。梁武帝萧衍在大力弘扬儒教的同时，并不废儒、道三教，尤倡儒学;采取"孔释兼弘"，三教并用的文化政策，大体可以说明南朝统治者及一般士人和僧人对三教关系的基本态度，由此亦可知他们论证三教同源的根本目的。 当然，这样做的结果，便是儒学不可避免地走向佛教化。在南朝时期，宗教学术思想比较活跃，儒佛之间的冲突与融合只是问题的一个方面。而且由于儒佛之间的冲突背景，儒学在与佛教进行斗争的过程中，也曾自觉或不自觉地与中国本土宗教——道教亲近，以期结盟联合抗衡佛教的势力。
从道教方面看，由于其产生于儒学被定为一尊的汉代，因而在其一开始虽然不断高扬老庄的旗帜，但其在思想资源和体系建构上不能不受到儒学的深刻影响。道教的创始人之一的张角所奉行的《太平经》，虽?quot;其言以阴阳五行为宗，而多巫觋杂语"，但仔细分析起来，也确乎吸收不少儒家的道理，明显表现出儒道合一的思想特征。它赞扬儒家的三纲六纪时说，"三纲六弛所以能长吉者，以其守道也，不失其治故常吉"，因此它要求其信徒应当遵循"父慈、母爱、子孝、孙顺、兄良、弟恭"等基本伦常关系原则。道教几乎从一开始便表现出的儒学化倾向，正是后来儒道之所以能够合一以抗拒佛教的内在思想依据。
再者，道教所奉行的思想权威主要是老子之学，而这一背景又恰好与魏晋玄学家们的思想倾向相契合，因此当魏晋玄学兴起之后，玄学家们的思想结构中实在包容相当多的道教因素。像魏晋玄学的开创者何晏，便竭力期望将儒家经典《论语》与《老子》沟通起来，他的《论话集解》就思想本质而言，实在是以老解儒以道解儒的典范。至于玄学中的重要人物王弼，其思想基本出发点也是以道解儒，将孔子老子化。他如阮籍、嵇康，其"越名教而任自然"的基本命题便表现出相当浓厚的道家意味。所有这些，都为儒道合一联合抗衡佛教的努力提供了可能。
儒道合一在东晋之前还只是某些思想的沟通与融汇，儒家学者真正从儒学的立场走上道教的立场，还是从东晋的葛洪开始。据葛洪《抱朴子》"自叙"，他早年也是儒家学术的忠实信徒，"年十六，始读《孝经》《论语》、《诗》、《易》。贫乏无以远寻师友，孤陋寡闻，明浅思短，大义多所不通。但贪广览，于众书无不暗诵精持。曾所披涉，自正经诸史百家之言，下至短杂文章近万卷。既性暗善忘，又少文，意志不专，所识者甚薄，亦不免惑。而著述时犹得有所引用，竟不成纯儒，不中为传儒之师。"由此可见，他之所以抛弃儒学而转向道家，并不仅仅出于个人爱好，而是时代和社会思潮使然。这一方面反映了儒家文化僵化与式微的一般趋势，另一方面也说明新起的道教确实存在吸引人的东西。正如其在《抱朴子》“序”中所说?quot;道士渊博洽闻者寡，而意断妄说者众。至于时有好事者，欲有所修为，仓卒不知所从，而意之所难，又无可咨间。今为此书，粗举长生之理。其至妙者，不得宣于翰墨。盖粗言较略，以示一隅，冀悱愤之徒省之，可以思过半矣，岂为暗塞必能穷微畅远乎!聊论其所先举耳。世儒徒知服膺周、孔，桎梏皆死，莫信神仙之事，谓之妖妄之说见余此书，不特大笑之，又将谤毁真正。"足见其对道家"长生之理”的倾心以及对传统儒学的厌恶。
当然，这样说并不意味着葛洪对儒学全面排斥。事实上，他对儒学的厌恶只是传统儒学的僵化部分，他对道教的倾心也只是倾心道教中那些可以纠正可以补充儒学不足的内容，他并不是真的耍彻底葬送儒学，而是期望以道教的积极思想挽救儒学，重建以道为本、以儒为末、儒道合一的新体系。他在《抱朴子·塞难》中评估儒道工家时说:"仲尼，儒者之圣也;老子，得道之圣也。儒教近而易见，故宗之者众焉。道慧远而难识，故达之者寡焉。道者，万殊之源也。儒者，大淳之流也。三皇以往，通治也。帝王以来，儒教也。谈者咸知高上世之敦朴，而薄季俗之浇散，何独重仲尼而轻老氏乎?是玩华藻于木末，而不识所生之有本也。…且夫养性者，道之余也;经世者，儒之末也。所以贵儒者，以其移风而易俗，不惟揖让与盘旋也。所以遵道者，以其不言而化行，匪独养生之一事也。若儒道果有先后，则仲尼未可专信，而老氏未可孤用?quot;在这里，葛洪对儒家学术独霸意识形态深表不满，同时他并不否认儒家学术在经世、移风易俗方面约有用性，只是这些有用性都是大淳之流，而不是道之本，不是万殊之源，因此葛洪所期待的理想的意识形态，便是以道为本，以儒为末，本末互补与互用。新意识形态的基本特征，在葛洪的期待中就是儒道双修，内神仙而外儒术，内外并用。他在《明本》中谈到这一构想时说，“夫升降俯仰之教，盘旋三千之仪，攻守进趣之木，轻身重义之节，欢忧礼乐之事，经世济俗之略，儒者之所务也。外物弃智，涤荡机变，忘富迁贵，杜遇劝沮，不恤乎穷，不荣乎达，不戚乎毁，不悦乎誉，道家之业也。儒者祭把以祈福，而道者履正以攘邪。儒者所爱者势利也，道家所宝者无欲也。儒者汲汲于名利，而道家抱一以独善。儒者听讲者，相研之簿领也。道家所习者，道情之教戒也。失道者，其为也，善自修以成务;其居也，善取人所不争;其治也，善绝祸于朱起;其施也，善济物而不德;其动也，善观民以用心;其静也，善居慎而无闷。此所以为百家之君长，仁义之祖宗也，小异之理，其较如此，首尾污隆;末之变也。"换言之，儒学虽有不足和缺陷，但其功能的有用性必须承认，只是这些功能的真正发挥，在葛洪看来应该建立在以道为本、儒道互补的基点上。这样，便可像他在《释滞》中听期望的那样:"内宝养生之道，外则和光于世，治身而身长修，治国而国太平。以六经训俗士，以方术授知音。"
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